Quando a Igreja Presbiteriana chegou à antiga Ilha de Paranapuã, hoje Governador, a ligação com o Continente, desde 1838, se fazia através de barcas, que atracavam na Freguesia. No início do século XX foi implantado um serviço de bondes, ligando a Freguesia ao Cocotá; e somente em 1949 foi inaugurada uma ponte permitindo a comunicação terrestre com o restante da cidade do Rio de Janeiro.

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O terminal de barcas da Freguesia, irradiador do desenvolvimento insulano, foi, provavelmente, o motivo indutor que levou um morador local, Sr. Octaviano Barbosa de Macedo, membro da Igreja do Rio, em 02 de janeiro de 1916, a organizar, em sua residência, na Praia da Guanabara 479, uma classe de Escola Dominical para 17 crianças. Percebendo que o trabalho estava crescendo, Octaviano, em 17 de fevereiro do mesmo ano, organizou outra classe de Escola Dominical, desta feita para quatro adultos. Sua esposa, Sra. Eunice Macedo, passou a ensinar hinos, acompanhando-os ao piano. O trabalho teve uma aceitação muito boa na região e, em fins de 1917, já havia 39 alunos.

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No dia 25 de outubro de 1916 foi realizado o primeiro culto público, tendo comparecido um grande número de pessoas que nunca haviam ouvido o Evangelho. O culto foi dirigido pelo pastor da Igreja do Rio, Rev. Álvaro Reis, um dos pastores presbiterianos mais notáveis em sua história.

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A partir de 1919, a liderança das atividades da Congregação passou a ser exercida pelo Sr. José Martins. O advogado Carlos Bastos, que tinha familiares na congregação, doou um terreno na rua de Cima, hoje Comendador Bastos, para construção do primeiro templo, cujas obras tiveram início em 14 de julho de 1920. Após dois anos de obras, o templo foi inaugurado, em 12 de outubro de 1922, pelo Rev. Álvaro Reis, em uma solenidade com cerca de 1000 pessoas, segundo registros da época.

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Desde dezembro de 1920, a congregação ficou sob a liderança do Pb. Alcino Demby Corrêa, que implementou grande crescimento no rebanho, como demonstram os arquivos da igreja até 1922, tendo sido batizados 17 adultos e 17 crianças. A partir dessa data, nos anos que se seguiram, a Congregação esteve sob os cuidados da Igreja do Rio, que cuidou carinhosamente da sua filha insulana, propiciando a fundação da Associação Feminina, nossa querida SAF, no dia 30 de agosto de 1923. Esse ato contou com a presença do pastor da Igreja do Rio, Rev. Álvaro Reis que se fez acompanhar de sua esposa, D. Mariquinhas, como era carinhosamente chamada, e que mais tarde, já viúva, recebeu o título de sócia emérita.

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Com o crescimento do número de membros da Congregação da Ilha, a Igreja do Rio, em junho de 1943, designou para conduzir o rebanho o Rev. João Marques da Mota Sobrinho. Após três anos sob a liderança de Mota Sobrinho, o Presbitério do Rio de Janeiro, no dia 03 de fevereiro de 1946, organizou a Congregação Presbiterial da Ilha do Governador, primeiro passo para o projeto de criação de uma futura igreja. Assim é que, no dia 12 de setembro de 1948, o Presbitério do Rio de Janeiro realizou o Culto Solene de Organização da Igreja Presbiteriana da Ilha do Governador, cujos primeiros presbíteros foram Roberto Dias Peres e Agripino Rodrigues de Souza; e primeiros diáconos, Waldemar Pascoal, Mamede José Felipe e José Pascoal. Este último juntamente com Francisco Pinheiro Filho são considerados uma espécie de patriarcas da IPIG.

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O profícuo pastorado de Mota Sobrinho nos legou sua vasta biblioteca, e deixou entre nós sua querida filha, a recém-falecida irmã Selene Mota. Em janeiro de 1955, tomou posse o Rev. Eldo Caldeira de Andrade que, durante 20 anos, pastoreou a igreja, sendo grande instrumento de bênção para todos. De 1954 a 1958, foram instituídas várias sociedades internas, como a UPH (1954), Liga Juvenil (1957) e Departamento Coral (1957).

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O crescimento da igreja tornou necessário um novo templo, em local mais central, no que é hoje chamado bairro Cocotá. Assim é que, em 1956, a igreja adquire um terreno e se mobiliza para a construção do Edifício de Educação Religiosa e do novo templo, cuja pedra fundamental foi lançada no dia 11 de setembro de 1960. O primeiro culto no novo edifício foi realizado no Salão Eldo, no dia 02 de setembro de 1962, e o templo foi consagrado em 12 de setembro de 1973.

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No período que vai de 1973 aos dias de hoje, a IPIG, em cumprimento ao Ide de Jesus Cristo, através de vários de seus membros, desenvolveu esforços no sentido de plantar novas igrejas. Desse esforço surgiram as igrejas Betel (1991) e Bancários (1998). No que diz respeito ao acervo material, em 1994, foi adquirido o Sítio Acampig, em Guapimirim; e, em 2001, um prédio na Rua Tâmisa, onde, atualmente, mora o pastor da Igreja.

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O Conselho, que governa a igreja, tem hoje oito presbíteros regentes. Ao longo de sua história, regentes de reconhecida fé e competência, desde pessoas humildes até membros destacados das Forças Armadas, legaram grande testemunho de seu trabalho.

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Também a Junta Diaconal, atualmente com quinze membros, principal responsável pela beneficência na igreja, tem, ao longo da história da igreja, feito um trabalho excepcional, com destaque, dentre outros, para José de Macedo e Clélio Pascoal, ambos já falecidos.

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Dentre as sociedades internas, cabe ressaltar o excepcional trabalho da Sociedade Auxiliadora Feminina, a SAF, mais antiga que a própria igreja e que tem sido uma espécie de locomotiva da obra presbiteriana na Ilha. Ao citar nomes das mulheres, que se destacaram ao longo de 97 anos de trabalho incansável, certamente iríamos cometer a injustiça do esquecimento.